搜索「github gitlab git pull」的结果

io.github.K-Dense-AI/scientific-agent-skills/modal

Modal 是按需运行 Python（含按需 GPU）的无服务器云平台。在使用 Modal SDK 部署或托管 AI/ML 模型、运行 GPU 加速负载（训练、微调、推理）、托管 Web 端点、调度批处理任务，或将 Python 代码扩展到云容器时使用。

io.github.K-Dense-AI/scientific-agent-skills/adaptyv

如何使用 Adaptyv Bio Foundry API 与 Python SDK 进行蛋白实验设计、提交与结果获取。只要用户提到 Adaptyv、Foundry API、蛋白结合实验、蛋白筛选实验、BLI/SPR 实验、热稳定性实验，或想提交蛋白序列进行实验表征，就使用本技能。当代码导入 `adaptyv`、`adaptyv_sdk`、`FoundryClient`，或引用 `foundry-api-public.adaptyvbio.com` 时也应触发。

io.github.K-Dense-AI/scientific-agent-skills/polars

面向 Python ETL、分析与 pandas 迁移的高性能 DataFrame 库。适用于基于表达式的数据操作，支持惰性查询优化、并行执行、流式跨核处理、Arrow 互操作与可选的 GPU 执行。

io.github.K-Dense-AI/scientific-agent-skills/geopandas

面向直接使用 GeoPandas GeoSeries、GeoDataFrame、空间运算或矢量数据 I/O 的 Python 工作流的指导与本地审计工具。

io.github.K-Dense-AI/scientific-agent-skills/esm

在使用 `esm` Python SDK、ESM3 或 ESMC 模型 ID、Forge/Biohub 推理客户端或 ESMFold2 折叠工作流时使用。

io.github.K-Dense-AI/scientific-agent-skills/statsmodels

Python 统计模型库。当需要具体的模型类（OLS、GLM、混合模型、ARIMA）并要详尽的诊断、残差与推断时使用。最适合计量经济学、时间序列，以及带系数表的严格推断。需要引导式统计检验选择与 APA 报告时使用 statistical-analysis。

io.github.K-Dense-AI/scientific-agent-skills/scikit-learn

使用 scikit-learn 在 Python 中进行机器学习。适用于监督学习（分类、回归）、无监督学习（聚类、降维）、模型评估、超参数调优、预处理或构建 ML 流水线。提供算法、预处理技术、流水线与最佳实践的全面参考文档。

io.github.K-Dense-AI/scientific-agent-skills/optimize-for-gpu

将科学 Python 工作负载加速到 NVIDIA GPU 上，并验证结果正确且更快。适用于 CUDA/GPU 优化；CPU 受限的 NumPy、SciPy、pandas、scikit-learn、NetworkX、scikit-image、向量检索、图像处理、图、仿真或文件 I/O 负载；CuPy、cuDF、cuML、cuGraph、cuVS、cuCIM、KvikIO、Warp、Newton、Numba-CUDA、RAFT 相关问题；以及性能剖析、内存搬运、kernel 或多 GPU 瓶颈。当大规模数据并行的 Python 代码很慢且 GPU 加速是合理选项时也应使用，即使用户没有提到 CUDA。

io.github.K-Dense-AI/scientific-agent-skills/benchling-integration

Benchling Python SDK 与 REST API 集成，覆盖 registry 实体、库存、ELN 条目、工作流、Benchling Apps 与 Data Warehouse 查询。在使用 benchling-sdk 或 v2 API 自动化实验室数据时使用。

io.github.K-Dense-AI/scientific-agent-skills/astropy

面向需要 Astropy API 的天文与天体物理工作流的核心 Python 库，涵盖单位/量纲、坐标、FITS I/O、表格、时间系统、WCS 与宇宙学。在使用 Astropy 实现或调试天文数据分析代码时使用。

io.github.K-Dense-AI/scientific-agent-skills/datamol

RDKit 的 Pythonic 封装，接口更简单、默认值更合理。标准药物发现任务的首选：SMILES 解析、标准化、描述符、指纹、聚类、3D 构象、并行处理。返回原生 rdkit.Chem.Mol 对象。需要高级控制或自定义参数时直接使用 rdkit。

io.github.K-Dense-AI/scientific-agent-skills/pysam

基于 Python/HTSlib 的基因组文件工作流。在使用 pysam 读取、查询、过滤或写出 SAM/BAM/CRAM、VCF/BCF、FASTA/FASTQ 或 tabix 数据时使用，包括 pileup、覆盖度、索引与 CRAM 参考。

io.github.K-Dense-AI/scientific-agent-skills/zarr-python

用于云存储的分块 N 维数组（Zarr-Python 3）。压缩数组、并行 I/O、经 fsspec 访问 S3/GCS、兼容 NumPy/Dask/Xarray，适用于大规模科学计算流水线。

io.github.K-Dense-AI/scientific-agent-skills/paperclip

使用 GXL 的 Paperclip CLI 检索和阅读生物医学论文全文、FDA/PMDA/EMA 监管文件、临床试验注册信息和 UniProt/PDB/ChEMBL 条目。涵盖用 PAPERCLIP_API_KEY 安装与鉴权 `paperclip` 二进制、/papers、/fda、/trials、/proteins、/clipboard 下的只读虚拟文件系统、来源范围的语义搜索、全语料 grep、元数据查询与 SQL、跨多篇论文的 map/reduce 阅读、图像视觉分析、带论断核验的可选论文仓库，以及锁定行号的引用。当被要求安装 paperclip、运行 paperclip search/grep/map/reduce/sql/repo、通过 paperclip 查找或阅读生物医学文献、监管文件或临床试验，或生成带行号的引用时使用。

io.github.K-Dense-AI/scientific-agent-skills/paper-lookup

在 11 个学术文献 API 中检索论文、预印本、引用与开放获取全文，并返回可复现的溯源结果。覆盖 PubMed、PMC（全文）、Europe PMC（全文与预印本检索）、bioRxiv、medRxiv、arXiv、OpenAlex、Crossref、Semantic Scholar、CORE、Unpaywall。适用于检索论文、引用、DOI/PMID/arXiv、摘要、全文、开放获取 PDF、预印本、引用网络、作者发文或任何学术文献查询。提及任一受支持数据库，或“find papers on X”“look up this DOI”“who cites this paper”“get me the PDF”等请求会触发。

io.github.K-Dense-AI/scientific-agent-skills/bioservices

40+ 生物信息学服务的统一 Python 接口。适用于在单个工作流中查询多个数据库（UniProt、KEGG、ChEMBL、Reactome）并使用一致的 API。最适合跨库分析与跨服务 ID 映射。快速单库查询用 gget；序列/文件操作用 biopython。

io.github.K-Dense-AI/scientific-agent-skills/gget

对 20+ 生物信息学数据库的快速 CLI/Python 查询。适合快速查询：基因信息、BLAST/BLAT、病毒序列下载、AlphaFold 结构、富集分析、OpenTargets、COSMIC、CELLxGENE 以及 8cube 小鼠特异性/表达数据。最适合交互式探索和简单查询。批量处理或高级 BLAST 用 biopython；跨库 Python 工作流用 bioservices。

io.github.K-Dense-AI/scientific-agent-skills/database-lookup

以显式端点、筛选条件、分页与溯源方式查询有文档的公共数据库 API。当需要以可复现方式从具名来源获取科学、监管、金融等数据库支撑的事实（而非依赖通用知识推断）时使用。

io.github.coollabsio/coolify/mcp-development

Use this skill for Laravel MCP development. Trigger when creating or editing MCP tools, resources, prompts, servers, or UI apps in Laravel projects. Covers: artisan make:mcp-* generators, routes/ai.php, Tool/Resource/Prompt/AppResource classes, schema validation, shouldRegister(), OAuth setup, URI templates, read-only attributes, MCP debugging, MCP UI apps, the x-mcp::app Blade component, createMcpApp(), default AppResource handle() auto-infers view from class name, Response::view(), AppMeta/Csp/Permissions/appMeta() configuration, #[RendersApp] attribute, Library enum for CDN libraries (Tailwind, Alpine), and host theming via CSS variables. Use this whenever the user mentions MCP apps, MCP UI, interactive MCP resources, styling MCP apps with Tailwind or Alpine, or building visual interfaces for AI agents.

io.github.coollabsio/coolify/infer-conventions

Use this skill to analyze how a Laravel application is actually written and record its conventions as shared rules. Trigger when the user wants to detect, infer, document, or standardize project conventions or coding style, set up or grow `.ai/rules`, resolve mixed or conflicting patterns (e.g. "are we using Form Requests or inline validation?"), or onboard agents and teammates to "how we do things here". Covers: a systematic sweep of ~49 Laravel convention dimensions (validation, models, architecture, testing, frontend, database, console), open-ended house-pattern discovery, conflict reporting, and recording rules scoped to the right paths via the Boost `record-rule` MCP tool. Only run this skill when the user explicitly asks for it; never start a sweep as part of another task. Do not use for one-off code review, enforcing formatting a linter already handles, or editing `.ai/rules` files by hand.

io.github.coollabsio/coolify/laravel-best-practices

在编写、审查或重构 Laravel PHP 代码时使用。包括创建或修改控制器、模型、迁移、表单请求、策略、任务、定时命令、服务类与 Eloquent 查询。涉及 N+1 与查询性能、缓存策略、授权与安全模式、校验、错误处理、队列与任务配置、路由定义和架构决策时触发。也用于 Laravel 代码审查及将现有 Laravel 代码重构至最佳实践。覆盖一切 Laravel 后端 PHP 代码模式的任务。

io.github.coollabsio/coolify/tailwindcss-development

用户消息以任何形式包含 'tailwind' 时始终调用。还适用于:构建响应式栅格布局(多列卡片栅格、商品栅格)、flex/grid 页面结构(带侧边栏的仪表盘、固定顶栏、移动端可折叠导航)、UI 组件样式(卡片、表格、导航栏、价格区、表单、输入框、徽章)、添加暗色模式变体、修复间距或排版,以及 Tailwind v3/v4 工作。核心场景:在 HTML 模板(Blade、JSX、Vue)中编写或修正 Tailwind 工具类。跳过:后端 PHP 逻辑、数据库查询、API 路由、无 HTML/CSS 部分的 JavaScript、CSS 文件审计、构建工具配置和原生 CSS。

io.github.volcengine/OpenViking/openviking-skills

Find, use, create, install, share, update, and migrate agent skills stored in OpenViking (viking://~/skills and viking://agent/skills). Use it when a search result, or the session's <available-skills> list where the harness injects one, names a skill that fits the task; when a task looks like one a stored skill would cover; when the user asks to write, save, install, or share a skill from text, a Git repository, or a local folder; when a skill should work in every harness and on every machine; or when the user wants to move local skills (~/.claude/skills, ~/.agents/skills, ~/.cursor/skills) into OpenViking — "upload my skills", "save this as a skill", "迁移本地 skill", "把 skill 存到 OpenViking", "新建一个 skill". Covers the add_skill tool, running a skill's helper files, and which local skills must stay local.

io.github.modelcontextprotocol/servers/local-dev

Install, build and run a server from this checkout. Use when starting a server locally over stdio, SSE or Streamable HTTP; when pointing npx, uvx or an MCP client config at the local build; when a running server still shows old code, or dist is missing; when setting up a git worktree; or when adding an overrides pin.