nextflow(Nextflow 数据流水线)
io.github.K-Dense-AI/scientific-agent-skills/nextflow
端到端构建、运行和调试 Nextflow 数据流水线与 nf-core 工作流。只要用户提到 Nextflow、nf-core、.nf 文件、nextflow.config、DSL2、processes/channels/operators、samplesheet,或想运行社区流水线(如 nf-core/rnaseq、nf-core/sarek)、用 nf-test 编写和测试模块/subworkflow、配置执行器/容器(Docker、Singularity/Apptainer、Conda、Wave)、把工作流扩展到 HPC/SLURM 或云(AWS Batch、Google Batch、Azure、Kubernetes)、调试失败/续跑的运行,都应使用。即使用户没有说出 “Nextflow”,任何可复现的科学/生信工作流也应考虑使用,也包括编写 nf-core 合规的 pipeline、模块、配置和 lint。